Индивидуальные планы магистрантов составляются на весь период обучения в соответствии с установленной формой и утверждены проректором по учебной работе. Индивидуальные планы магистрантов разработаны согласно ГОСО РК 5.04.033-2011. Послевузовское образование. Магистратура. Основные положения.

Индивидуальные программы магистрантов включают следующие разделы: индивидуальный учебный план, научно-исследовательская работа (тема, направление исследования, сроки и форма отчётности), практика (программа, база, сроки и форма отчётности), тема магистерской диссертации с обоснованием и структурой, план выполнения магистерской диссертации, план научных публикаций, план стажировок.

Индивидуальный учебный план формируется магистрантом с участием эдвайзера, который консультирует группу по предлагаемым предметам, обозначенным в модульных образовательных программах по двум траекториям. Действующая модульная образовательная программа обозначается на основе большинства группы магистрантов, выбравшим конкретную образовательную программу. Для выбора элективных дисциплин магистрантам предлагается каталог элективных дисциплин, включающий  дисциплины двух модульных программ. Каждая дисциплина сопровождается  кратким описанием  и обозначением преподавателя с указанием его ученой степени и звания. Эдвайзер помогает сориентироваться в выборе дисциплин, что и составляет базу для выбора общей модульной образовательной программы.