Мектеп-колледж-жоо ғылыми-әдістемелік комплексі келесі бағыттар бойынша қызметін жүзеге асырады.

1) Басқару және ұйымдастырушылық;

2) Оқу-әдістемелік;

3) Ғылыми-зерттеу;

4) Кәсіби бағдар;

Басқару-ұйымдастырушылық бағыты Мектеп-Колледж-ЖОО барлық бөлімінің жұмысын үйлестіреді және келесілерді өзіне қосады:
Мектеп-колледж-ЖОО жүйесіндегі серіктестік туралы шарттардың шешімін;
Біріккен шараларды ұйымдастыру және өткізу;
Мектеп пен коллодждегі педагог ұжымынынң қызметін үйлестіру;
Мектеп, колледж, жоо психологиялық қызметінің жұмысын үйлестіру.

Басқару-ұйымдастырушылық бағыты ҒӘК барлық бөлімінің жұмысын үйлестіреді және келесі қызметтерді өзіне қосады:

Мектеп-колледж-ЖОО жүйесіндегі серіктестік туралы шарттардың шешімін;
Біріккен шараларды ұйымдастыру және өткізу;
Мектеп пен колледждегі педагог ұжымының қызметін үйлестіру;
Мектеп, колледж, жоо психологиялық қызметінің жұмысын үйлестіру.

Оқу-әдістемелік бағыт ҒӘК барлық бөлімдеріндегі оқу-тәрбие үдерісінің сапасын көтеруге көмектеседі және келесі қызметтерді қосады:
Мектеп, колледж мұғалімдері мен ата-аналарына білім беру семинарларын ұйымдастыру және өткізу;
Мектеп пен колледж психологтарына аранайы оқыту семинарларын ұйымдастыру және өткізу;
Дуалды-бағытталған педагогикалық дайындықты жүзеге асыратын өтпелі оқу жоспарларын және оқу бағдарламаларын әзірлеу және нығайту;
Мектеп және колледж базасында ҒӘК университет студенттерінің педагогикалық, психолого-педагогикалық және әлеуметтік тәжірибелерін ұйымдастыру және өткізу.

Ғылыми-зерттеу бағыты ҒӘК барлық бөлімдерінде ғылыми-зерттеу жұмысының сапасын көтеріп, жандандыруға септігін тигізеді.

жылда өтетін ғалымдар мен мұғалімдердің ғылыми-әдістемелік конференциясын ұйымдастыру және өткізу.
мектеп оқушылары мен колледж, жоо студенттерін тартып біріккен ғылыми жобалар, семинарлар ұйымдастыру.
мектеп, колледж, жоо білім алушылар арасында олимпиада ұйымдастырып өткізу.
біріккен мақалалар дайындап, отандық және шет елдік басылымдарға шығару.

Кәсіби бағдар келесі қызметтірді өзіне қосады: 

Мектеп, колледж, жоо ашық есік күндерін ұйымдастыру;
«Пеадгогикалық мамандық әлемі» тақырыбында бірлескен көрме ұйымдастыру;
Бірлескен мақала жазып, ҒӘК барлық бөлімдерінің қызметі жайлы БАҚ жария ету;
«Жас педагог», «Жас педагог-психолог» тақырыптарында мектеп, колледж, жоо білім алушыларға арнап жарыстар өткізу.
«Педагог-психолог күні» сияқты тақырыптарға біріккен шаралар ұйымдастыру.